"Мостстрой" АД има едностепенна система на управление - Общо събрание и съвет на директорите. "Мостстрой - Пловдив" АД и "Мостстрой - Велико Търново" АД също са с едностепенна система на управление. Като еднолично дружество с ограничена отговорност "Релс ремонт" се ръководи от управител.